Số phận của đảo thưa thớt dân cư Halmahera đã từ lâu gắn bó chặt chẽ với các đảo nhỏ hơn gọi là Ternate và Tidore, cả hai đều ở ngoài khơi phía tây đảo này. Các đảo này đều thuộc một vương quốc lớn trong thời kỳ trước khi Công ty Đông Ấn Hà Lan xâm chiếm toàn bộ quần đảo.

Trong Thế chiến hai, Halmahera là khu vực có căn cứ quân sự của Nhật Bản tại vịnh Kao.

Năm 1999 và 2000, Halmahera là nơi diễn ra bạo lực giữa những người theo Hồi giáo và những người theo Kitô giáo, bắt đầu chỉ đơn giản là tranh chấp sắc tộc giữa các cư dân của hai phụ quận Kao (chủ yếu là Kitô giáo) và Malifut (toàn bộ là Hồi giáo) và sau đó đã biến thành tranh chấp có tính chất tôn giáo khi nó loang rộng ra phần lớn khu vực Bắc Moluccas. Hàng ngàn người dân đã chết trong những cuộc giao tranh giữa các lực lượng tôn giáo vũ trang, bao gồm các nhóm như Laskar Jihad và FPI (Mặt trận Phòng vệ Hồi giáo) đã đến đây từ Java với số lượng lớn. Tháng 6 năm 2000, khoảng 500 người đã chết khi một chiếc phà chở những người tị nạn di tản từ Halmahera đã bị chìm ngoài khơi ven rìa đông bắc đảo Sulawesi.

Hiện nay, phần lớn giao thông vận tải thủy tới phần còn lại của Indonesia là thông qua các đầu mối tại thủ phủ tỉnh, trên đảo Ternate; mặc dù Tobelo (thủ phủ quận Bắc Halmahera), thị trấn lớn nhất trên đảo Halmahera, cũng có phà các đầu mối vận tải hàng hóa đường biển trực tiếp tới Surabaya và Manado.

Cụ thể kể từ khi có sự quản lý của bupati (nhiếp chính hay người đứng đầu quận) đầu tiên do dân bầu, Tobelo đã phát triển nhanh và đang ngấp nghé thay thế vai trò của Ternate. Tobelo cũng có ưu thế về tiềm năng mở rộng, do nó được bao quanh là những vùng đất bằng phẳng. Ternate bị hạn chế do kích thước của nó, chỉ là một đảo nhỏ có thể lái xe đi vòng quanh trong vòng 45 phút. Bên cạnh đó, chính quyền tỉnh cũng có kế hoạch di chuyển thủ phủ về Sofifi, một làng nhỏ trên bờ biển thuộc đảo Halmahera, đối diện với đảo Tidore.

Tỉnh Bắc Maluku bao gồm 8 quận, trong đó 6 là một phần của đảo Halmahera. Chúng là: Bắc Halmahera, Tây Halmahera, Đông Halmahera, Trung Halmahera, Nam Hamahera, đô thị tự trị Ternate, thành phố và quần đảo Tidore và quần đảo Sula. Chỉ có đô thị tự trị Ternate và quần đảo Sula là không có phần nào thuộc Halmahera.